GeneDock HG WES 手册
Part 1 产品介绍
1. GeneDock HG WES 人全外显子组标准化分析服务用途
GeneDock HG WES使用BWA、Sentieon软件，对外显子组（或者panel）数据，进行从fastq到vcf的分析（包含SNV和INDEL），同时对原始序列 (FASTQ) 和比对后序列 (BAM) 的基本计量参数进行统计。
外显子组测序（Whole exome sequencing，WES）是指使用二代测序技术（NGS）对外显子的所有区域进行测序。相比与全基因组测序，全外显子组比进行全基因组序列测序更简便、经济、高效，其目标区域覆盖度也更高，便于变异检测。
Sentieon DNAseq 是一款类似于GATK (The Genome Analysis Toolkit) 的软件，主要用于二代测序数据的变异分析，包括SNV和INDEL。GeneDock的生信团队与数据计算团队共同努力，在数据传输优化、分析算法选择、计算资源选型等方面都进行了优化，并对分析关键步骤做了分布式处理，在保证同GATK鉴定结果准确度一致的基础上，大大降低了用户的分析成本，缩短了运行时间。
Sentieon是一款类似于GATK (The Genome Analysis Toolkit) 的软件，主要用于二代测序数据的变异分析，包括SNP和INDEL。Benchmark测试结果 (https://peerj.com/preprints/1672/)显示，Sentieon软件在保证同GATK 3.3软件鉴定结果准确度一致的基础上，比GATK 3.3速度提升了约20倍（相同的硬件设备）。
且该软件获得
Winner, precisionFDA Consistency Challenge
Winner, precisionFDA Truth Challenge
更多信息：Sentieon官方网站：《 Sentieon DNAseq, for consistent and confident germline variant detection》
2. 整体步骤：
整体可分为4个部分：
1. 序列比对（Mapping）：使用trimmomatic软件进行前处理，使用bwa mem进行比对，使用samtools对bam文件进行排序、格式转换等操作。
2. Bam文件前处理（Bam processing）：使用Sentieon软件做去重复序列（rmdup）、INDEL Realignment（realign）、Base quality score recalibration（bqsr）。
3. SNV和INDEL检测（SNP and INDEL calling）：使用Sentieon软件的HaplotypeCaller（hc）对SNP和INDEL同时进行检测。
4. 变异优化（Callset Refinement）：使用Sentieon软件的VQSR对varaint quality score做矫正（此步骤SNP和INDEL分别进行）。
5. 对原始序列 (FASTQ) 和比对后序列 (BAM) 的基本计量参数进行统计：原始序列 (FASTQ)统计包括Reads数目、N所占比例、低质量碱基的比例、Q20、Q30、与Adaptor相关的reads比例，以及质量值和GC含量图等。比对后序列 (BAM)的统计包括：靶标区域所占比例、平均测序深度、重复区域比例、比对率、不同X数reads所占比例，以及目标区域测序深度图等，具体图表格式可以参考GeneDock 博客。
流程中步骤与GATK的Best Practices基本一致。
关于其中使用的knowsites输入文件也与GATK软件一致，可以参考这个链接。
【运行时间】
2017年7月17日biolam_105测试3.95GB+4.00GB的fastq.gz文件。深圳域：3小时。
由于全外显子组数据较全基因组数据要小，本工作流采用利用“fastq按行拆分、bam不拆分”的原理，使得运行时间较短，运行成本也较低。
【准确性评估】
本流程步骤与GATK的GATK best practice基本一致，准确性评估请参考这个链接。
【注意事项】
- 本流程需要是双端测序。
- 流程中会使用GATK官方推荐的reference、knowsites输入文件，下载自Broad的FTP。
- 如果输入fq文件是多个lane的，请注意read1和read2的顺序要一一对应。
关于此流程有任何问题，请您随时与我们的工程师联系。
Part 2 GeneDock HG WES操作教程
1.查看工作流详情：进入后台后，点击左侧工具栏中的工作流，在我的工作流标签中选择public，可以看到WES_Germline_BWA_Sentieon_ContainRef_stat工作流，点击“详情”，查看该工作流的介绍，包括：【概述】、【基本背景】、【整体步骤】、【运行时间】、【准确性评估】、【注意事项】等（如图1，图2）；
2.设置输入、输出及参数，运行工作流及查看结果同HG操作教程。
Part 3 参数解释
本工作流中使用的工具及参数与HG工作流一致。